立法院內政委員會9日審查《海洋保育法》草案，進行逐條審查時，馬上就碰上問題。在野黨立委的版本主張，要求將條文中「會商」相關主管機關改成「會同」，不過在部會間的合作程度，也會有所不同。
國民黨立法委員 Sra Kacaw（鄭天財）：「如果是三個部會要會同的話，從承辦人到主任委員、或是部長都要蓋章。」
法務部法制司副司長 謝志明：「以會同的角度來看，其實兩邊的權益大概都跟主管機關一樣，另外一種是會商的合作模式，仍然是有主從之分，必須要諮商其他主管機關的意見，予以採納，當然他最後採納之後他還是以自己的意見為主。」
但是執政黨立委認為，若使用會同，相關部會在執行上恐怕窒礙難行。
民進黨立法委員 洪申翰：「我當然很希望要怎麼樣保障原住民，包括漁民、漁會參與的權益，如果用會同、大部分都是用會同的話，其實某個程度會讓這樣子環境相關的部會，它很多相關的部會，會變得非常非常窒礙難行。」
無黨籍立法委員 Ciwas Ali（高金素梅）：「會商只是商量、會同是必須彼此尊重，然後到涉及到原民跟漁民權益的部分，那麼相關的主管機關，應該就要極力地捍衛，所以我們在修訂制定一個法的時候，其實要把這個精神放在裡面。」
立委強調，政府在制定任何法律時，不要把受限制的人當作是衝突者，若在立法階段可以互相尊重，就能避免漁民或是原民抗爭動作，想必這也不是各界所樂見的。
海委會主委 管碧玲：「會同或會商，那個是進入保護區的劃設程序時候的課題，是不是我們後面，在會同跟會商後面的時候，我們再討論。」
《海洋保育法》草案將近一半的條文被保留，其中主管機關的權限，「會同」跟「會商」朝野持不同意見，同樣在罰則的幅度上也未達共識，海委會表示將再全盤統整後，在兼顧法制序的情況下，提出總體的新策略。
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