南投縣府文化局，計畫在埔里愛蘭大馬璘遺址文化園區，設置貨櫃屋代替博物館，不過一聽聞是貨櫃屋就引來地方質疑，為何不是一般正規性建築。
埔里鎮愛蘭里里長 陳文富 巴宰族：「大家看了（貨櫃屋）兩年三年就壞了，為什麼不做一個萬年，永久可以使用的東西？要來用這種兩三年就壞掉，這是頭一次的會議，當然還有很多事情還在磨合，大家來做一個好的討論。」
為此南投縣府文化局就到地方召開說明會，同時請來專家學者釋疑，為何要選用貨櫃屋型式，並說明未來建設軟硬體藍圖。
台中科博館人類學組負責人 劉克竑：「他們因為這個地方是一個遺址公園，所以他們不能夠往下挖地基，蓋一個實體的房子，所以他們用了這一個辦法，就是擺在地面上不往下挖。」
南投縣政府文化局副局長 李玉蘭：「那主要是在針對，我們這個大馬璘文化園區，那會設置四個四十呎的貨櫃，那這個貨櫃他是一個，類博物館的一個型式，然後就是整個科技的一個運用，然後就是教育推廣，那希望全體的社區可以一起來，動作起來，期待這個整個工程部分能夠順利圓滿。」
埔里文史工作者 鄧相揚：「那經過考古學者的研究，它是一個很重要的史前遺址，所以這個地方目前現做個展示館，看起來只是一個起步，我們希望未來這個地方做一個，大馬璘的史前博物館。」
由於大馬璘遺址範圍相當大，目前的文化園區僅是遺址的一部分，其它周圍地底仍還有許多遺址存在的可能性，縣府文化局斟酌結果，希望用不破壞的方式，暫時在地表設置貨櫃屋代替博物館，希望地方理解並給予支持。
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