行政院通過馬太鞍溪堰塞湖災後特別預算，總共270億元。
會花費的主要項目，包括水利設施復原99億，道路交通重建及衛生環境復原等，分散在各部會，其中以經濟部91億元為最高。
主計總處公務預算處長 許永議：「主要是辦理馬太鞍溪以及花蓮溪整治，以及電網防災韌性，供水設備的修繕以及災區產業振興。」
其中原民會也占了5億元，辦理原住民族貸款、利息補貼及公共設施復建。整筆預算還得送立法院同意才能執行。主計總處進一步說明，這次編列特別預算，也評估鳳凰颱風導致堰塞湖災情的狀況，提高水利設施預算。但是這次堰塞湖使花蓮萬榮、鳳林等地再度釀災，立委伍麗華秀出公文，九月提醒要增設臨時防災設施。當地村長究責水利署，民怨四起。
經濟部次長 賴建信：「它當初並沒有堤防，它原來是一個非常比較高的一個高灘地，甚至是一個高檻，在原來堰塞湖溢流之前所有模擬情境，也沒有說預測到那個地方會有洪流會溢出去。」
經濟部次長賴建信說明，目前已完成馬太鞍溪河道改道並封堵，也因為近日河道疏浚等作業超前，沒有讓災情擴大。賴建信進一步表示，未來會持續強化馬太鞍溪河道清淤、以及南北兩岸堤防建置等，也持續與學術單位、技師等，針對氣候變遷不穩定的狀況，做出安全評估，並滾動式調整應變。
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