西瓜園裡未採收遺棄的廢瓜，經過日曬雨淋後，逐漸裂開、腐壞孳生蚊蟲，卓溪部落居民抱怨，蒼蠅都會飛進部落，影響環境生活品質。
卓溪部落居民表示，「有蒼蠅，就蒼蠅有時候就噴到我們這邊，他們哪邊西瓜很像乾掉了，蒼蠅沒有地方去就往我們這邊，我們就在這邊一直拍那個蒼蠅。」
目前卓溪鄉古風、卓溪、太平村裡，共有8處西瓜園，每到七八月分採收後，瓜農並未立即處理剩餘的廢瓜，導致日後腐壞孳生蚊蟲，公所查覺立即稽查並依廢棄物清理法第五十條第一項第三款規定，違者將處新台幣一千二百元以上六千元以下罰鍰，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰。
卓溪鄉公所環殯所長田君豪指出，「包含生雞糞，包含廢瓜如果沒有處置得宜的話，我們就會做開罰的動作，會按照廢清法去做開罰，我們的西瓜處置作為，要達到什麼的標準，第一個就是說，那個廢瓜一定要掩埋在就是土壤中30公分，或者是交由其他的相關單位，直接去處理掉。」
西瓜農黃先生說，「採收完之後，我們會類似噴一些環境衛生的藥，避免蚊蟲孳生，然後把廢瓜找個地方，然後掩埋起來，才不會孳生蚊蟲，造成居民的不便。」
卓溪鄉內有部分西瓜園鄰近部落社區，農民抱怨，瓜農在施肥或採收後的廢瓜，總會會引來蒼蠅蚊蟲，因此也呼籲西瓜園應遠離部落。
