為了防止災情再度發生，水利署在洪災過後，動員400多輛卡車，在半年內疏濬2000萬立方公尺的砂石。而位在馬太鞍溪北側於1990年代興建的超級堤防也在這次洪災時，沒有發生沖毀的情況，這也是敲定在南岸興建高規格堤防的原因。
經濟部水利署長 林元鵬：「完成以後我們可以看的到，未來在這邊150公尺的位置，裡面還有第2道的保護措施，即使發生緊急狀況，水有溢流過來，也會導引到下游去。」
行政院長10/29前往防災工程現場進行視察，同時邀請35年興建全台第一座超級堤防的前省長宋楚瑜。由於馬太鞍溪不是僅有水在流動，從上游到光復段超過3億立方公尺的土砂，如果沒有順利經由自然因素排送，勢必會墊高馬太鞍溪，讓堤防能夠容納洪水的空間減少，因此砂土去化也成為現在的棘手問題。
親民黨主席 宋楚瑜：「這些砂石，在我做省長的時候就是財，還有沒有其他可以做為我們生財之道的一些方法，它不是廢物利用，而是這麼好的材料，浪費不但可惜，隨便堆置在那裏，會反覆地變成災難。」
花蓮縣政府祕書長 饒忠：「含土量太高，所以（砂石場）篩洗的過程成本很高，他們（標售）意願也不高，所以可以標售的量就很少，假如今天有可以填海的機制的話，那消化量就快。」
目前水利署部分參考還地於河的構想，提出將馬太鞍溪河川治理界線向北拓展740公尺，讓未來有更多空間可以容蓄洪水與土砂，卓榮泰院長也強調，為了預防汛期造成災害，預定明年完成堤防工程。
行政院長 卓榮泰：「南北兩岸，四道堤防，雙重的保障。我要求在明年的汛期前，第一道堤防的工程要如期完成，而我說的汛期前是4月底之前，不能把它放到5月底，我們對於極端氣候的掌握，不能拿以前的經驗。」
根據水利署回應，南岸的光復堤防總長5.5公里，現在完成進度來到16%，共投入20億元經費，預估明年3月底前完工。只是真正的還地於河不僅牽涉到防災、土地治理跟地主權益留存的面向，未來還需要政府積極通盤考量，才會產生面對災害的韌性與知識。
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