國民黨立法委員林奕華表示：「教育部次長可以說明一下嗎，為什麼教育部不準備這個對照表，是覺得原住民族學校法不重要嗎，我現在對於這樣我是沒辦法接受的。」
26號一早立法院教育文化委員會，審查原住民族學校法，但教育部連法案資料都沒準備好，遭會議主席罵翻。但主因正是因為，原住民族學校法的主管機關尚未有共識，到底是教育部還是原民會？仍有分歧意見。
教育部次長蔡清華說明：「原住民族學校法，我們主政的單位是，我們的原民會 。」
教育部表示，當時在原民政策會議的分工上，就有提到之前的原住民族教育法由教育部主政，且已正式上路，原住民族學校法就回到原民會主政。連攤開提案立委的草案版本，也不盡相同。立委高金素梅認為主管機關就是原民會，且轄下要設立原住民族教育署來統籌規劃相關制度。而立委鍾佳濱跟伍麗華，則認為法案涉及國民義務教育，因此把主管重任交由教育部，原民會則屬辦理機關。
無黨籍立法委員 Giwas Ali (高金素梅)解釋：「草案內容的民族尊嚴，延續民族命脈還有語言的使用，跟文化權未來的傳承，這個部分如果主管機關，不回到原民會的話，我覺得那個主體性就不夠。」
民進黨立法委員 Saidhai Tahovecahe (伍麗華) 說明：「我們會很擔心的就是說，在我們的原民會目前的體制之下，它裡面並沒有專業的教育人員，來辦理教育的事項，我們的整個社會會變成說，對它的專業形象有所折扣，也就會讓我們整個，原住民族學校的定位，也會讓人家有錯誤的想像，乃至於最後被邊緣化。」
到底誰來擔主管機關？原民會主委認為原住民族學校仍是國民教育的一環，從幼兒到青少年，相關學科制度也都跟教育部息息相關。
原民會主委 Icyang‧Parod (夷將‧拔路兒) 表示：「那這個涉及到我們整個，國民義務教育的階段，我覺得民族教育由原民會來主政，一般教育由教育部主政，然後一起分工把原住民族的教育，把它完備起來，這是我們希望要追求的目標。」
期盼透過分工來推動原住民族學校法，只不過這個問題從109年初次審查，就已是卡關原因。如今法案有了新進度，委員們也希望問題能從逐條討論中得到解方。
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