根據醫療產業工會調查，身處職場高風險染疫的醫護人員，面對職災認定程序不明朗，加上院方惡意阻擾，導致他們申請職災保險給付，相當不易。台北醫師職業工會指出，以全台民眾確診率17.81%估算，推測有2.6萬名醫護人員曾確診，但截至6月底，申請職災給付卻只有465件。
台北市醫師職業工會發言人張恆豪表示：「有九成的醫護是認為，政府在這個職災，申請上面的協助，是非常不夠的，這對導致是說，勞工他在公職或是，假別上面的權益，會有一個明顯的受損。」
台灣醫療工會聯合會直指，除了醫護人員不了解職災認定，跟給付申請流程外，造成勞工在工資跟假別上，產生極大權益損失。而從這次調查，顯見院方或機構，面對醫護反映時，都曾想方設法刁難阻撓，是職災黑數如此龐大的重要因素之一。
台灣醫療工會聯合會常務理事王曉暹表示：「最大宗的理由就是擔心，或實際面臨來自院方，管理層的壓力有51.9%，應進行專案列管，重點輔導。」
立法委員洪申翰說明:「高強度的工作量風險，包括染疫以後的代價成本，請問誰來承擔，一樣回到我們醫療人員，來承擔的話，請問這對我們整體醫療體系，是一件好事嗎。」
醫護團體強調，除了政府在染疫補償審核上，應秉持從寬從速原則，更要積極排除執行面障礙，提出具體改善措施。同時呼籲主管機關，針對職災通報數，顯低於確診數的醫療院所，應進行專案列管與重點輔導，杜絕不法情事持續發生。
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