目前西拉雅族已開放辦理身分登記，隨著登記人數增加，族群身分的認定方式也受到關注。由於部分平埔族群在歷史分布、通婚與家族遷徙上有所交錯，實際申辦時，如何確認家族所屬族群，以及自我認同，成為現階段爭議的焦點。
日光小林社區發展協會總幹事 王民亮：「就是她本身嫁到台南去，台南那邊好像也會發公文通知，有些族人要去登記身分，然後她就會把公文給我看，說那個政府請她去登記成為西拉雅，然後我就會跟她講說，可是沒有，妳不是，妳是大武壠這樣，不要登記錯了。」
西拉雅族跨地部落聯盟召集人 Alak Akatuang（段洪坤）：「如果說目前我們所理解，我所接到的案例，很多急著要去登記，都是會比較考量到所謂權利的問題，就是他的孩子要讀書了，他的學校費能不能全免，他的孩子要畢業了，他能不能考公職人員用原住民的，大概是這一群人在緊張。」
而在現行制度下，戶政端主要負責受理申請，相關身分的審核則由原民會依規定進行。對族人來說，真正需要釐清的，不只是「能不能登記」，更包括自身家族究竟屬於哪一個族群，以及相關歷史資料是否足以支持身分認定。
台南市永康戶政事務所戶政人員：「如果是熟，就是有熟註記，但是是不是西拉雅要看地區，有些是不同族，他分布的區會不一樣，所以原民會會依照說西拉雅族應該分布在哪幾區，哪幾區的為主。那如果說他覺得他是當時候自我認同是大武壠，但是後來他覺得西拉雅過了，可能那時候也是重疊，就是西拉雅跟大武壠的區有可能重疊，他也有可能是西拉雅族，那他也來申請，當然我們都不會拒絕，因為審核權都在原民會。」
西拉雅族跨地部落聯盟召集人 Alak Akatuang（段洪坤）：「第一個你要去看，像進去看當初你的祖先是，你的現居住所是在哪個地方，那進來第二步，你要去看的是你家系裡面的婚姻關係，好那這個時候，你要再進入到最後一步，不要急著去登記，你先去了解你家系裡面的婚姻關係，再去問你的長輩，你們家裡面這樣的系統，到現在裡面你的阿公你去問一下。」
對於平埔族身分登記制度來說，如何在保障族人權益的同時，也讓不同族群的歷史脈絡被清楚辨識，而相關認定標準與審查機制，也會影響後續的身分認定。
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