台灣第一高峰玉山主峰每年都吸引不少登山客前往攻頂，但在0403全台有感大地震後，內政部國土測繪中心在5月使用衛星定位進行測量，測得玉山主峰的海拔高度為3952.433公尺，與去年11月3952.485公尺相比，減少了5.2公分。
內政部國土測繪中心副主任 曾耀賢：「這個5.2其實不算大，以測量來講本身也含有一些誤差；目前這樣子測來講，大概3到5公分這樣的數據的誤差，都還是正常現象。」
國土測繪中心在每年的5月、11月，都要進行玉山高度測量，0403花蓮大地震後比對資料發現，花蓮站抬升量為45.1公分，水平位移8.1公分，因此在5月間以幾何高變化量監測到玉山的高度均為3952公尺上下，對此玉管處表示，依照10年來為玉山所量測的數值來看，高低變化並不大。
玉山國家公園管理副處長 邦卡兒．海放南：「其實因為在每一次的測量，它其實都稍稍會有一些變化，這個部分我們有詢問，大概還是在合理的範圍之內。」
台大地質系特聘教授 吳逸民：「那像這次花蓮的地震，斷層長度可能是六、七十公里左右；在海岸山脈這邊，大概垂直方面都是抬升的；在中央山脈這邊，就有一點點的下降這樣。」
玉管處認為，台灣地處歐亞大陸板塊和菲律賓海板塊聚合地帶，造山運動及測量技術都會讓玉山高度出現變化，而且從歷年觀察發現大地震後，除了山脈會位移也容易造成山體崩落，這回的測量雖然有5.2公分落差，但都在合理誤差範圍內不用太過擔心。
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