日本與菲律賓日前宣布，將針對雙方專屬經濟海域，也就是EEZ以及大陸礁層海洋邊界啟動談判，由於部分海域與台灣主張的經濟海域重疊，引發藍營擔憂台灣海洋主權與漁權是否受到影響。
國民黨立法院黨團書記長 林沛祥：「更重要的是這塊海域，跟中華民國依法主張的200浬專屬海域有大範圍的重疊。也就是說別人正在討論如何分配一塊與我們本來權益高度相關的海域，但是談判桌上沒有中華民國。」
國民黨立法委員 賴士葆：「今天劃出來，我們政府都不講話，還肯定的結果是什麼？就是我們的漁民如果要去宜蘭以南、新竹以北這一塊地方捕魚的話，他們的軍艦可以來。」
對此，民進黨則認為，凡是涉及台灣主權，政府絕對不會是「路人甲」，並指出世界各國的專屬經濟海域，本來就常因200海浬主張而出現重疊，因此相關爭議，應透過對話與協商解決。
民進黨立法院黨團幹事長 莊瑞雄：「重疊的部分，你講你的、我講說是我的，當然暫時來擱置爭議，共同來如何來簽訂條約。大家來簽訂協定跟條約，來共享海洋的一個資源，共同來開發。這個比把所有的國家，把他自己的軍艦開到那個爭議的一個水域裡面來，更是比較大家可以接受的一個解決的一個方式。但是涉及到我們整個主權，我們的外交部也要強力地去做一個交涉，中華民國政府絕對不會是路人甲。」
面對主權爭議，外交部則表示，目前日菲雙方尚未公布實際劃界範圍，已責成駐外館處了解詳細內容。
外交部發言人 蕭光偉：「外交部重申，我國領土主權及依國際法享有的主權權利不容置疑。政府已經注意到，日本內閣官房長官對外表示，日菲協議對第三國沒有拘束力的談話，日菲雙方無意影響我國東部海域的相關權益。」
由於台灣東部海域擁有豐富的資源以及戰略位置，外交部也要求日菲雙方在談判過程中，必須考量台灣權益。
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